不動産所得が赤字の場合の利息の土地と建物の按分について

売買契約書に区分されていれば、その金額により按分する事になります。
契約書に区分されてない場合には、合理的に区分する事になります。
「参考」
土地とその土地の上に存する建物を一括して譲渡した場合には、土地の譲渡は非課税ですので、建物部分についてのみ課税されます。
 この場合、譲渡代金を
1 譲渡時における土地及び建物のそれぞれの時価の比率による按分
2 相続税評価額や固定資産税評価額を基にした按分
3 土地、建物の原価(取得費、造成費、一般管理費・販売費、支払利子等を含みます。)を基にした按分
 などの方法により土地と建物部分に合理的に区分する必要があります。

 なお、それぞれの対価につき、所得税又は法人税の土地の譲渡等に係る課税の特例の計算における取扱いにより区分しているときはその区分した金額によることになります。

購入価格があるのでしたら、購入価格を使用して土地・建物それぞれにかかる利息分を計算することになります。
また、取得時に自己資金も拠出されていましたら、自己資金分は先に土地の取得に充てたとして計算できます。