過年度の耐用年数修正

税務調査で指摘を受けた減価償却限度超過額を前期に会計上利益(正確には費用のマイナス)計上し、これを当期に減算すると指摘を受けた減価償却償却超過額相当分を再び損金計上して所得を減らすことになると思いますので、税理士の言ってることは正しいと思います。

ご回答ありがとうございます。誤解があるように思いますので補足なのですが、2018年の会計は変更していません。修正申告書上のみで加算しています。会計上の修正は同額を2019年度期初に行っています。

2019年度期初に過年度損益修正益などで誤謬の訂正を行ったということですね。
そうであれば、ご記載の通り2019年度の申告で減算しなければ、過去の利益分を2019年度に申告することになりますので、おかしくなります。

ご回答ありがとうございました。自分の考えでおかしくないとこちらで確認が取れましたので、2018年の超過額5百万円全額を2019年度申告書で減算して税額計算してもらいました。が、税理士曰く、「税務上の減算可能額は3百万円なので、もし税務調査があった場合差額2百万円については修正を要求されるかもしれない」と言われました。
一旦加算してしまったものに対して、翌年以降減算できる金額に上限があるのでしょうか？それは上記でご説明したように、帳簿側を修正して利益を計上していてもそれに関わらず、なのでしょうか。
税理士側のおっしゃることが全く理解できずに困っています。
因みに、会社の会計上の簿価は修正してありますが、税理士が管理している固定資産台帳上は簿価の修正が行われていない状態です(システム上できないと言われました)。従来会社の帳簿上簿価と税理士が管理している固定資産台帳の簿価は一致させてきましたが、2019年末では償却限度超過額分だけずれています。このため税理士は上記のように言ってくるのかとも思いますが、あくまで会社の帳簿が正なので、税理士のシステム上簿価を修正できないのだとしても、申告書においては会計上の5百万円減価償却累計額を修正し、同額利益を計上しているからには、申告書では5百万円減算が可能と思うのですが、どのように伝えれば税理士に理解してもらえるでしょうか。あるいは何か私が理解し切れていない事があるのでしょうか。
顧問税理士と理解しあえず大変困っています。アドバイスいただけましたらありがたいです。

申し訳ありませんが、具体的な内容を拝見しないと先の回答以上のアドバイスは困難です。
ご記載の文面だけ拝見すれば、税務上の修正が完了しており、当期の会計上の減価償却費が税法限度額内であれば、当期初に計上した会計上の修正益は全額減算可能としかお答えできません。
結論だけでなく、減算可能額の算定根拠や根拠法令などの説明を顧問税理士に求められた方がよろしいかと思います。

迅速にご回答ありがとうございました。
アドバイスいただいたようにしてみます。