雑所得、家内労働者等の必要経費の特例

そもそも、家内労働者等の必要経費の特例は、人的役務の提供が対象です。
オークションサイトとフリマアプリは、物を不特定多数の者に販売する行為なので、対象外です。不特定多数も要件にも該当しません。（複数でも良いですが、特定の者でなければなりません。）

売上は、物を引き渡した日です。具体的には、発送日、相手側に到着した日、検収した日など一定の基準を決めてそれによってください。
入金した日はダメです。

本問は特例の対象外ですが、本業が給与としたら、給与が65万円を超えていると、必要経費の総額が65万円にするという特例ですから、受ける余地はありません。

わかりにくくすみません、雑所得がオークション、フリマなどの副業の利益分という意味です。
本業は家内労働者等の必要経費の特例が適用される職種です。
家内労働...の適用分(-65万円)は本業の方の所得にのみ適用ですか？
それとも事業取得と雑所得全ての所得からー65万円ですか？
オークションなどの雑所得分の方は別で経費(仕入れ、梱包材、送料など)を引いた分を記入して良いのでしょうか？

本業が給与でなく、家内労働者等の特例が適用される職種であれば、適用できます。

最初の問のお尋ねのとおり
本業の方とこれらの経費や配送料、仕入れ金、梱包材、手数料など全てまとめて65万円までなのでしょうか？

はい、そのとおりです。
なお、必要経費の合計が65万円未満のとき、65万円にする特例なので65万円を超えていれば、適用はありませんが、超えている金額が必要経費となります。もともとの経費が70万円ならば、70万円が必要経費であり、65万円にする特例ではありません。
オークションなど適用にならない経費を含めて、65万円未満でないと特例は適用されません。