住民税につきまして、給与所得の乙欄を普通徴収にするには

副業の所得が給与所得以外であれば、確定申告において副業の住民税の納付を自分で納付(普通徴収)を選択できますが、副業の所得が給与所得の場合は、普通徴収を選択できないため本業の方と合わせて特別徴収になります。市区町村によっては、副業の所得が給与所得でも普通徴収にできるところもあるようです。お住まいの市区町村の住民税課に確認をされた方が良いと思います。

確定申告書等作成コーナーでは給与所得以外を「自分で納付する」を選択することしかできないと思います。
しかし、市町村によっては、主たる給与以外の従たる給与にかかる住民税を普通徴収にできるところもあるようですので、お住まいの管轄市役所に問い合わせてください。