滞納中の確定申告

ご主人がサラリーマンで所得税を納付しておれば、住民税や国民健康保険料を滞納していたとしても還付されるはずです。
住民税や国民健康保険料の滞納額に所得税の還付金を充当することはありません。
なお、住民税は医療費控除をすることによって控除額に見合って税額が少なく決定されるだけで、還付金はありません。

主人は派遣で働いているのですが、所得税は給与のときに自動的に納付されているのでしょうか。
また、還付金が入った、いくら入ったというのは、区役所の方々は把握できるのでしょうか。

確定申告すれば、そのデータは市役所と連携されますので、ご主人の申告内容はわかります。
なお、ご主人の給与から所得税が引かれているかどうかは給与の額にもよりますし、一般論としては引かれているはずですが第三者には分かりませんので、ご主人に確認してください。

とても丁寧でわかりやすくありがとうございます。医療費控除は5年間大丈夫みたいなので、納税後にしようか検討してみます。ありがとうございました。