譲渡所得が控除された場合の所得の考え方

先行取得土地等の1,000万円特別控除は、土地の部分だけに適用されるものなので、建物部分には適用されません。建物部分を含めたところのマンションを売った利益ではありませんのでご注意ください。

住宅ローン控除を受ける場合の要件である「合計所得金額が3,000万円以下であること」でいう「合計所得金額」とは、「申告分離課税の所得がある場合には、それらの所得金額（長（短）期譲渡所得については特別控除前の金額）の合計額を加算した金額です」となっていますので、特別控除額を差し引く前の金額を加算することになります。

住宅借入金等特別控除を適用する場合の要件となる所得金額は、「合計所得金額」が3000万円以下であることとされています。
そして、この「合計所得金額」として認識する譲渡所得の金額は、「特別控除前の金額」とされています。従って、ご質問のケースですと1000万円の特別控除前の金額を他の所得金額に加えて判定することになると考えます。
下記サイトをご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tebiki2017/b/03/order3/yogo/3-3_y02.htm

また、譲渡所得の計算上の取得費は、建物に関しては購入価額から減価償却費累計額を差し引いた金額になりますのでご留意ください。

土師弘之様/服部誠様
とてもクリアな回答ありがとうございます。助かりました！