国税庁の確定申告コーナーで作成中、「支払調書の合計額が収入額を超えている」と出て進めない！

去年すでに申告している売り上げの分が加算されているのだから、上回るのは当然だと思うのですが・・・。

そのとおりですが、支払調書が令和3年分となっているのであれば取引先は令和3年の経費としていると思われます。
あなたが売上として計上すべきなのは令和2年なのかそれとも令和3年なのでしょうか。
取引先からの支払調書に合わせるならば、令和2年分の売上からその分を減額し更正の請求をするとともに、令和3年の売上に計上（源泉徴収されているならばその税額も計上）することになります。

私は相談者様の売上計上時期が正しいかどうかわかりませんが、正しければ支払調書とのずれがあっても問題ありません。
一般的に、支払調書は支払ベース（現金主義）で作成されるので、請求ベース（実現主義）による個人事業主の売上金額とずれることはよくあります（ベテラン税務署職員なら、見慣れています）。
よって、支払調書に記載された支払金額と確定申告する売上金額が一致している必要はありません。
確定申告する際の売上はご自身が認識している売上計上とします。
そして、決算書の特殊事情の記載欄や別紙で、既に令和2年分の確定申告書に売上計上（源泉徴収）されたものがある旨記載されるのがよろしいかと思われます（どこに、いくら等）。