親子リレーローン　フラット３５　土地、建物の共有持分の申請

建物も土地も全ての支払いをご相談者様がされるということでしょうか？
義父が100分の1の持分があるのであれば、本来であれば義父にも100分の1支払う義務が生じるかと思いますので、その支払い分贈与認定される可能性がございます。
なぜ100分の1だけ持分があるような形になっているのでしょうか？

親子リレーローンだと二人で持分を持たないといけないと言われましたので、上記の持分にいたしました。
将来的には全部自分名義に移したいと思っていましたのでお父さんの持分を多くすると相続とか贈与とかが発生した時に払うお金が大変かと思いました。

内容については理解いたしました。
名義や支払いをご相談者様おひとりでしても、100分の1相当の支払いを義父より受ければ贈与認定を受けることはございません。
どうぞよろしくお願いいたします。

支払いを1/100義父から受ければ贈与税と建物の登記も土地と同様にしても問題なさそうですか？
よろしくお願いします。

贈与税も建物の登記も税務上の問題はございません。
100分の1の登記というのをやったことがないので、実務上できるのかどうかはご確認してみてください。
どうぞよろしくお願いします。

ご回答ありがとうございました。