直系尊属からの住宅に関する贈与の非課税制度で、贈与額から110万円以下を手元に残すことは可能か

　500万円は、住宅取得の非課税の特例で申告します。
　100万円は一般贈与で申告し、基礎控除を使うことができます。
　そうすると、500万円は住宅本体に使い、100万円は諸費用に使うことができます。

結論から申し上げますと、贈与を受けた全額である600万円を申告する必要があります。

住宅取得等資金の非課税制度と、暦年課税の基礎控除（110万円）は併用が可能です。
ただし、非課税特例の適用を受けるためには、最終的な贈与税額が0円になる場合であっても申告が必須です。

申告書には、親からの受贈額合計として「600万円」を記載し、そこから非課税特例分（500万円）と基礎控除分（100万円）を差し引いて税額を0円とする計算過程を示します。
＊500万円分だけを申告すると正しく制度が適用されませんので、必ず全額を記載し期限内に提出ください。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。