妻と共同名義の住宅ローンの繰り上げ返済にかかる贈与税について

奥さんの預金をご質問者の繰り上げ返済に充てられた場合には、贈与税の課税対象になります。

1:1の権利で、住宅ローンの名義が全てご主人ということで、繰上げ返済も含めて総負担額が1:1となるように調整される必要があると考えます。
そのあたりを考慮されて、今回奥様名義の1000万を返済に充てられるのでしたら、贈与税の対象とならない可能性もあると考えます

　奥様からの預金を繰り上げ返済に充てられる場合、原則は贈与となりますが、奥様から借りて返済するのであれば、贈与税は掛かりません。
　ただし、「金銭消費契約書」を作成されることをお勧めします。