相続財産に土地がある場合の相続税の申告の判断について教えてください

概ねお考えのとおりです。
控除額ギリギリの場合は、納税額なしの申告をしておくことをおすすめします。

概算だけで申告不要と自己判断するのは慎重であるべきです。

相続税の要否判定において、路線価×面積による試算は、あくまで一次的な目安にすぎません。ご指摘のとおり、用水路に面している点や台形地である点は減額要因になり得ますが、その適用可否や減額率は評価通達に基づく専門的判断を要します。自己判断で「控除内」と結論づけるのはリスクが残ります。

一方で、概算評価の段階で基礎控除額に十分な余裕がある場合には、申告不要と判断されるケースも実務上はあります。ただし「ギリギリ」の水準であれば、税理士に依頼し、正確な土地評価を行った上で申告要否を判断するのが合理的です。