相続の使い込みをしてしまいました。

厳しい言い方になりますが、お父様との間で贈与契約がなければ使い込みという不法行為ですのでお父様はあなたへ返還を請求する権利を持っていると言えます。
したがって、相続が開始された時点でその金額は相続財産に含めなければなりません。
相続税申告の内容により、税務署は被相続人や相続人の銀行調査を行います。
毎月20万円～50万円の出金があればその使途について追及されます。
遺産分割協議においてもお姉様との間で問題にならないのでしょうか。
このままではいけませんので、お近くの相続税分野を得意とする税理士にご相談することをおすすめします。

やはり税理士さんへお任せするしかないのですね…。生活費の内訳も説明が出来なければ、全額、返金するべきなのでしょうか？長年、私ひとりで介護してきたので、姉は仕方ないよ…とは言ってくれています。

税理士とともにお父様の生活費に費消した額とその他の額との区分をしてみてはいかがでしょうか。

度々すみません。
領収書等がなくても可能性なのですか？

生活費の領収書を保管しておく人のほうが稀有です。
その辺は税理士とご相談ください。