修正申告を違う税理士に頼む

詳細は不明ですが、担当税理士は当初申告の内容についてよく理解しているからこそ修正申告案を主張しているのではないですか。
もちろん修正申告を別の税理士に依頼することはできます。
あなたから別の税理士へあなたの修正案で修正申告書を作成するように依頼すれば、別の税理士はそのとおり作成するでしょう。
最終的には、申告納税義務者であるあなたが正しいと考える修正案で修正申告してくださいということになります。

　国税ＯＢです。私が、税務職員だったころにも調査の途中で、別なＢ税理士から「税務代理権限証書」の提出を受けて納税者にＡ先生なのかＢ先生なのかどちらの先生が、あなたの代理人なのかを確認したことがあります。結果としては、Ａ税理士を解任する旨の納税者の発言があり、以後は、Ｂ税理士とやり取りを行いました。
というわけで、税務署に対して、連絡を行ってください。税務署も守秘義務があるので、どちらが依頼を受けている税理士なのかわからないので、「税務代理権限証書」の提出が必要ですね。そのうえで、調査内容について、税務署側と話し合えばいいのではないでしょうか。

補足ですが、今後のことを考えてセカンドオピニオン的に相談してから判断するのも一つの方法だと思います。

わかりました。ありがとうございました。