家族の車を全損させてしまった場合の仕訳はどうすればいいですか？

はじめまして！公認会計士・税理士の清水と申します。

今回の場合、社用車でなく、奥さんの所有物とのことで、個人の生活用資産に係る損失となります。
生活用資産による損失は、所得税の計算に登場せず、経費仕訳は不要になります。

結論
今回の事故による修理費や車両損失は「経費にできません」。
理由は、車が妻名義の“私用車”であり、事業の固定資産でもなく、事業使用割合も証明できないためです。
したがって、
保険金40万円は妻の“個人の収入”扱い（事業には関係なし）
事業側では一切仕訳を起こさない（＝経費処理ゼロ）
これが“税務調査でも最も安全な処理”になります。

理由
国税の判断基準は非常に厳しく、次の条件を満たさないものは損害を事業経費にできません
その車が事業用資産であること（名義・用途・帳簿計上）
事故損が事業遂行に直接必要な損金であること
今回の車は
妻名義
家族の私用車
事業の固定資産計上なし
継続的な事業使用の実態証明も困難
となるため、税務署は 「私用資産の損害」＝家事費扱い と判断します。

そのため、
修理費
全損による損失
保険金との差額
などを事業損として落とすことはできません。

事業側の仕訳
仕訳なし（経費にしない）
→ これが唯一の安全処理です。

妻側（個人）の処理
保険金40万円は“自家用車の損害補てん”であり、通常は非課税（所得税法9条）
※車が生活用資産であれば、保険金は課税されません。
したがって、
妻に所得税も課税されない
申告も不要
で終了します。

もし経費化できるケースは？（今回には該当しません）
以下のような場合のみ、損害金を経費化できます
車両が事業用として登録・固定資産計上済み
事業で通常使用している
事故も業務遂行中のものと認められる
保険金との差額を「車両除却損」「修繕費」で計上
今回は いずれの条件にも該当しないため、経費化は不可能かと思います。