虚偽の悪質な申告について

こんにちは、
元国税局に勤めていた税理士です。
市区町村役所と、税務署に、違う数字の源泉徴収票を出しているとのこと、
一般にはあまり聞いたことが無いやり方です。
税務署に給料について記載して提出する書類は、
法人税の申告書、あと、法定調書、の大きく２つですが、
税務署に対して給与を少なく報告するということは、その分、会社で計上できる給料の額が少なくなってしまいます。その結果、利益・所得は多く計算され、法人税は増える結果になる。
あまりやっても意味のない方法に見えますが、他に何か意図があるのでしょうかね。
個人に対する低所得者への何らかの給付、これは、大部分が自治体で行うものですので、国から直接でてきません。従って、市区町村には正しい金額で出している、とすれば、そこは、問題ある結果にはなりそうにないところです。
で、何らかの脱税行為である、という仮設のもと、ですが、
罰としては、５０００万円以上の不正行為であれば、いわゆるマルサ調査、地検に脱税事件として告発、裁判所で罰金刑が言い渡されるのが通例です。
社長は、罰金刑を言い渡されますと、１０年程度は銀行とは取引できなくなります。お金も借りられません。
従業員は、脱税の不正行為に関わっていなければ、税務調査があったり取り調べがあったりすることはあるでしょうが、刑罰に問われることはないでしょう。
代表者が脱税で告発されてしまえば、事業継続は普通できないので、休業状態、再開は中小企業なら、なかなか難しいでしょう。
事項としては、偽り不正行為で脱税の告発は、７年間訴求して処分します。それ以上の古い年分の所得は時効になってしまいますね。
以上は、高額な悪質脱税のことで、ほとんどの税務調査では、修正申告を提出しろ、という指導があり、重加算税などの加算税を課して、それでおわりになります。
１万円、１０万円程度の税額の話で、たとえ悪質でも、いちいち訴訟まで行っていたら、税務署もまわりませんので。
取り急ぎ、一般論はざっくりこういう感じです。

回答ありがとうございます。納得しました。
あともう少し聞きたいことがあるのですがやめときます。今回はありがとうございました。