甲(配偶者0)で源泉徴収をしてしまっていた時の年末調整

毎月の給与にて通常より多くの源泉徴収をされていたことかと推察いたします。
その場合、年末調整を行うことで、令和7年分の正しい年税額が求まり、徴収額との差額が精算されます。多く徴収した分多く還付されるだけですので、問題ございません。
(1)仰る全期間の所得税の精算を年末調整で行いますので、問題ないというよりは、年末調整とはそういうものという回答となります。
(2)配偶者控除・配偶者特別控除の適用の有無は、年末の現況（配偶者控除等申告書の内容）により判断され、源泉徴収票に反映されることとなりますので、毎月の源泉徴収とは関係なく、配偶者を乗せるのは問題ないです。
(3)(2)と同様です。

丸尾先生>>大変勉強になりました。今後の為にも参考させていただきます。
従業員に問い合わせたところ配偶者の扶養はとっくに外れているみたいなので、源泉は従来通り扶養0のままの金額と配偶者特別控除も視野に入れて年末調整をします。
ご回答ありがとうございました。