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従業員の源泉所得税の還付について

青色申告の個人事業主(農業)です。

従業員を1人雇用していて、令和7年度の年末調整を会計ソフトで作成すると、差引過不足額が「-21700円」になりました。
※源泉徴収税額 44900円、年調年税額 23200円

この場合、本来ならば納期の特例をしているので、7月~12月分の源泉所得税から差し引くと思うのですが、そのまま月額表通りに徴収して納税してしまいました。

調べると、「令和8年1月支給の給与分に上乗せして還付する」や「令和8年1月分の源泉所得税で相殺する」と出てくるのですが、

この従業員の方の生命保険料や他の控除は聞いていないため、源泉徴収票をもとに自分で確定申告をしてもらうようにしています。

その場合、支払う所得税が少なくなると思うのですが、今回のように「還付」となった場合はどのようにすればよいのでしょうか。

翌年に繰越をせず「差引還付(給料に上乗せ)」をするのか、「毎月の所得税から少しずつ還付するのか(約3か月は所得税0)」、「翌年の年末調整でまとめて還付するのか」。

できれば、上乗せせずに「毎月少しづつ還付」か「翌年にまとめて還付」のほうがありがたいです。

ちなみに未だ年末調整はしていない状況です。

長文乱文失礼いたしました。
よろしくお願いいたします。

税理士の回答

年末調整は原則として12月中に完了させ、還付額が発生した場合は、12月支給の給与に全額上乗せして従業員に還付します。また、12月支給の給与で従業員に還付した場合に限って、7月~12月分の源泉所得税から差し引くことができます。

年末調整は義務となります。まだ行っていない場合には、なるべく速やかにおこない、次回給与支給時に従業員へ還付することが必要です。

年末調整は給与支払者(事業者)の法定義務であり、還付まで含めて完結させる必要があります。

所得税法上、年末調整は「源泉徴収の最終精算」と位置づけられており、従業員が後日確定申告を行う予定であっても、事業者側の義務が免除されることはありません。年末調整を実施した以上、差引過不足額▲21,700円は、事業者が必ず還付処理を行う必要があります。

還付方法としては、
① 翌年1月給与への上乗せ還付
② 翌年以降の源泉所得税からの相殺(数か月源泉0円)
が認められており、実務上は②が最も一般的で穏当です。納期の特例を適用していても問題ありません。

なお、翌年の年末調整まで繰り越す処理は不可です。また、「本人の確定申告に委ねる」整理が許されるのは、最初から年末調整を行わない場合に限られます。

年末調整は任意ではなく、事業者責任で完結させる制度です。

ご回答いただきありがとうございます。


三嶋先生のご回答から、
還付方法についてですが、②の相殺方法で還付をするのですが
「納期の特例」をしているため、1月から6月分(7月納付)する分から21700円を差し引けば良いということでしょうか?

その場合、納付書は「給料の税額欄」は本来の税額を、「年末調整の超過額」の欄に21700円を記載して、差し引いた分を合計に記載するということでしょうか。

ただ、この場合だと月の源泉所得税が4500円だとした場合、4.5か月分が相殺になるのですが、2か月を超えると書類を提出しなければいけないのか
また、使っている会計ソフトでも繰越する場合入力するところが1月、2月のみとなっています。

2か月分のみ相殺して、残りは給与上乗せになるのでしょうか。

本投稿は、2026年01月28日 22時16分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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