弥生会計12プロで内訳書を作成できますか？

No.2024 確定申告を忘れたとき
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2024.htm

仮に、期限後申告となっても、①法定納期限から1月以内の自主申告、②期限内納税などにより、無申告加算税がかかりません。
内訳書のみが遅れても、期限後申告にはならないと思いますが、税務署にご確認ください。

法人の決算書の提出も同じでしょうか？

法人税も、所得税と同様の取扱いとなっています。
http://www.nta.go.jp/law/jimu-unei/hojin/100703_01/00.htm

4月が決算月で、6月末までの提出ですが、1、2日遅れても構わないのでしょうか？

何度も同じ質問で、申し訳ありません。

1、2日遅れても、期限内納税であれば、無申告加算税はかかりません。
5年間以内に無申告加算税などを課されたことがなく、かつ、同加算税の不適用がない場合も要件です。

＞1、2日遅れても、期限内納税であれば、無申告加算税はかかりません。
⇒今期は赤字なので、所得に関しては、納税はありません。要件を満たしていますか？

納税がなければ、初めからかかりません。