社宅と事務所兼自宅の違いについて。

代表取締役が社宅に住む場合、家賃の50%程を役員報酬から差し引いた額が所得となる為、社会保険料も安くなると認識です。

→この認識が間違えています。社会保険料は家賃負担差引前の総支給額が算定基礎です。

こちらは例えば事務所兼自宅の場合も同じように家賃の50%程を役員報酬から差し引いた額が所得となり、社宅保険料も安くなるのでしょうか？

→上記の通りなので違います。

大阪の税理士の方には役員報酬から社宅自己負担分を差し引き、計算できると伺ったのですが…

では、その税理士にご質問の内容を再度確認してください。
年金事務所にも確認してください。社会保険料の算定基礎は総支給額と回答されるはずです。