資本金の減額

欠損金の填補のための無償減資、又は、有償減資をするのでしょうか？
単に、資本金から資本準備金に500万円を振替えるだけでは均等割額は下がりません。

「資産に計上されている土地の評価額を出して株の評価額をだしなおす必要がある」とチラリと聞いたのですが、意味がわかりません。

→全く関係ありません。

欠損金の補填の無償減資になると思います。
仕訳は下記で正しいでしょうか？
資本金500万／繰越利益剰余金500万

また、何か気を付けるべきことはあるのでしょうか？

仕訳は正しいです。

また、何か気をつけることはあるのでしょうか？

→抽象的な追加のご質問なので回答が難しいのですが、思いつくものだけ回答します。
①税法上の問題ではありませんが、会社法上の手続き（債権者保護手続き等）を経ないと減資の登記が受け付けられない筈です。こちらの詳細は、弁護士又は司法書士にご確認ください。
②法人税の申告上は無償減資はなかったものとして取り扱いますので、別表5-1に会計上の減資を取り消す処理が必要です。