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米などの食材は仕入れたときに原価として計上していると思いますので、
廃棄したからといって特段仕訳は不要です。

仕訳しないと原価率が上がったりしませんか？

もし厳密に分けたいということであれば、
棚卸資産廃棄損（似たような科目であればなんでもいい）ｘｘ/仕入高ｘｘ
というふうに仕訳して、特別損失に計上してください。