建物価格のルール・減価償却

売買契約書に、土地建物の価格や消費税は明記されていないのでしょうか？

明記されている場合
　基本的には、契約書の金額になります。
明記されていない場合
　合理的な方法で按分する必要があります。
　土地を路線価から算出した方法が合理的か否かは、
　各物件の状況により異なりますので、こちらで断言できるものでありません。
　税務上、確実な方法は不動産鑑定士に依頼することだと思われます。

土地と建物の価額が、契約書に明記されていない場合は、以下の様な方法でそれぞれの価額を算定することになると思います。
1.不動産鑑定士に依頼する。
2.土地と建物のそれぞれの固定資産税評価額で按分する方法
3.路線価や公示価格により土地の取得価格を決めて残額を建物の取得価格とする。路線価は、時価の８割と言われていますので、路線価を0.8で割り返します。
4.建物の取得価格を決めてから残額を土地の取得価格とする。譲渡者の帳簿価額を教えてもらえるならそれを利用することができます。あるいは、国税庁が発表している「建物の標準的な建築価額」を元に計算します。

建物に価額が算定されれば、税務上定められた耐用年数(中古資産)で減価償却することになります。

ご教示くださり、ありがとうございます。

契約書に明記してもらう予定ですが、その価格は当事者が合意すれば、いくらでもいいということでしょう？
例えば建物95%、土地5%なような極端な価格でも減価償却時に税務上、否認されたりはしないでしょうか？

契約書に明記されていても、
明らかにおかしい金額であれば、否認されます。

契約の当事者が合意すれば、いくらでも良いということにはならないと思います。土地、建物の価額がそれぞれ妥当な算定方法で算定された価額とかけ離れていないことが重要になると思います。

おかしくはないと判断される目安を知りたいのですが、土地価格を路線価×面積とし、残りの代金を建物価格とすることはおかしいと判断される可能性はありますでしょうか？

路線価での評価は相続税評価額になります。土地の時価としては、少ないと判断される可能性はあると思います。土地の時価での評価は0.8で割り返す必要があると思います。