輸入消費税について

いいえ、どのような請求をしても、
支払った消費税は、申告の仕方で、戻ってきます。（仮受消費税と差し引きします）。
売上原価で計算しないほうが得です。

税務上は、売上原価でも租税公課でも法人税や消費税の申告納税額は変わりません。
会計上は、輸入消費税は商品の輸入に関連したものなので、輸入諸掛等の仕入諸掛勘定にするのが一般的かと思います。
税込経理とのことですが、国内で仕入れた商品を本体を仕入高、消費税を租税公課とわけませんよね。理屈はそれと同じです。