所得がゼロ扱いにされていました。

「平成28年度の所得がゼロ扱いになっていた」とのことですが、何をご覧になって「所得がゼロ」ということが分かったのでしょうか。
給与所得の場合、「給与所得控除額」というものがありますので、給与収入が一定額以下ですと給与所得の金額がゼロになることも想定されます。
ちなみに平成28年中の給与の「収入金額」はお分かりでしょうか。もし、お分かりでしたら給与の収入金額もお知らせ頂けたら幸いです。

今年から夫の扶養に入るため書類を集めていて、所得証明書を発行してもらい気づきました。今は会社に提出してしまっています。

28年の正確な収入金額は分かりませんが給与明細によると大体月に13万程度もらっていました。
ちなみに29年分の源泉徴収票の支払金額は122万で、おそらく同程度かそれ以上もらっていたと思います。

ご連絡ありがとうございます。
給与収入が仮に122万円とした場合、給与所得控除額は65万円となるため、給与所得の金額は　
122万円‐65万円＝57万円となります。
基礎控除が38万円ありますので、社会保険料控除や生命保険料控除等の所得控除が19万円以上ありますと、所得控除後の課税所得金額はゼロとなることが考えられます。
平成28年における社会保険料や生命保険料等の金額はいかがでしたでしょうか。