副業確定申告で普通徴収(自分で納付)した場合のふるさと納税控除額は会社と副業のどちらから引かれますか
会社員で2024年度の年末調整済。また、2024年度ふるさと納税を6万円しました。副業分の2024年度の売り上げを確定申告し、その際、所得税と住民税を自分で払うように普通徴収(自分で納付)にチェックし、所得税は申告時に納税完了。6月頃に郵送できた納付書で住民税を全納。昨日、会社からの給料明細と一緒に『給料所得にかかる市民税・県民税・~~決定・変更通知書』をもらい、その摘要欄に『寄付金税額控除36,280円』と記載がありました。これは、この6月から1年間、分割して給料の住民税から引かれる額という意味でしょうか。それとも、副業分の自分で全納した住民税で処理されていてその金額の記録として記載されているものでしょうか。ちなみに昨年より年収は、10万円ほどあがっているので通常であれば今年の住民税は昨年より高いはずですが、毎月1000円ほど下がっています。プラス、今年から子供が就職したので4月から扶養も外れています。通知書の記載の寄付金税額控除が、会社の方からか、自分の納付額から引かれるものなのかを知りたいですのでよろしくお願いいたします。
税理士の回答

丸尾和之
結論から申し上げますと、ふるさと納税分の税額控除について、給与からの特別徴収分から先に控除され、控除しきれなかった分があれば、普通徴収分から控除されると考えられます。
ただ、具体的な計算方法については、市によって異なるようなので、お住いの市役所に確認されることをお勧めします。
給与からの特別徴収と副業に対する普通徴収の2つの徴収方法がある状態を
併用徴収と言います。
土岐市のホームページによると、併用徴収の場合の所得控除等の適用順序は、
給与からの特別徴収 ⇒ 普通徴収
となっており、年税額と給与からの特別徴収額の差額で普通徴収額を求めるようです。
倉敷市の場合も同様の順序ですが、
給与からの特別徴収額と普通徴収額をそれぞれ計算しています。
どちらの市も給与からの特別徴収額から優先的に計算しているので、
ふるさと納税の税額控除額も給与からの特別徴収額から優先的に控除されるものと考えられます。
◆ご参考
・土岐市
https://www.city.toki.lg.jp/kurashi/zeikin/1004700/1007159.html
・倉敷市
https://www.city.kurashiki.okayama.jp/kurashi/tax/1001559/1014528/1001587/1012526/1001597.html
こんにちは。仕組みがわかりませんでしたので大変参考になる意見をいただきありがとうございました。詳細は、市に確認したいと思います。
本投稿は、2025年06月26日 11時19分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。