住民税と会社のしくみについてです

よくはないですが、会社の事務がしっかりしていない会社なのでしょう。
役場から来ていたのを納めていたが、給料からは引くのを担当者が忘れたということでしょう。
小さい会社はよくあります。

結論から申し上げますと「会社が先に住民税を立替払いし、後から一括で給与から控除する」という取扱いは、通常の実務ではあまり見られません。原則として、住民税は前年の所得に基づき毎年6月から翌年5月までの12回に分けて、勤務先が毎月の給与から天引きし、自治体へ納付します。したがって、事前の説明なく一気に控除されるのは異例と言えます。考えられる要因として、会社が納付時期を失念し立替納付した、あるいは手続きの遅延でまとめて天引きせざるを得なくなった等が挙げられます。いずれにせよ、金額や控除方法についての説明責任は会社側にありますので、納付明細や領収の根拠を提示していただくことを求めてもいいかと思います。

【結論】
住民税の給与天引き（特別徴収）は一般的ですが、会社が従業員分を先に立て替え、その後まとめて給与から差し引くというのは通常の運用ではありません。通常は6月から翌年5月までの12回払いです。

【詳細】
・住民税は前年の所得に基づき、市区町村から会社に通知が届きます。会社はその金額を毎月の給与から天引きして市区町村へ納める仕組み（特別徴収）が原則です。
・今回のように「会社が先に払ってあとから一気に徴収」というのは、特別徴収が適切にスタートしていなかった場合や、事務処理の遅れがあったケースなどに起こることがあります。
・ただし、本来は毎月分割で控除されるべきものですので、まとめて徴収されると負担が大きく、事前の説明がないのは問題です。給与明細に住民税額が記載されるのが通常です。

【まとめ】
住民税の仕組み自体は「会社が毎月分割で天引き」が原則なので、一括徴収は例外的な対応です。事情が不透明なまま負担を強いられるのは不安かと思いますので、オーナーに再度きちんと確認されることをおすすめします。

みたさん、お忙しい中回答頂きありがとうございます。

もう一度、オーナーとちゃんと話してみようと思います。

ありがとうございました！