確定申告による社会保険費用の増額

先日、税務署に行って確定申告（医療費控除による還付金の為）に行きました
自宅でe-taxでほぼ入力は済ませたのですが、株式の取引が入力が分からないので
税務署の職員の方にやっていただいたところ、取引による損益がプラスが多いため
還付料は増えるけど、社会保険が増えるかもしれないと言われました、職員の方はこれならやらないほうがいいのではないかと仰っていました。社会保険料と住民税の関係はよくわからないから、何とも言えないが国民保険なら確実に増額しますと言われました、実際のところはどうなのでしょう。
税務署の方は特定口座なので税金は既に引かれているのでしなくても問題はないと仰ってましたが



私の分かる範囲で記載させて頂きます
参考になれば幸いです

ご質問の内容ですが、税金のお話ではなく、国保保険料のお話ですので、専門外とはなりますが、参考までに記載いたします。

まず、国保の計算方法ですが、
これは、各自治体の国保組合で定めていますので、全国一律ではありません。
したがって、正確にお住まいの市町村でご確認頂く事となります。

一番多い計算方法は、世帯割・被保険者人数割・所得割の３種類の計算方法により算出します。
この場合問題になるのが、所得割です。
計算の基礎は前年の所得金額に対して、各市町村が定めた料率（１９．５４％等）を乗じて計算します。
したがって、前年の所得が多ければ、保険料も多くなります。
ご質問のケースですと。
株式の譲渡については、特定口座で源泉徴収ありであれば申告する必要はないので、国保も計算対象となりませんが、これを含めて申告した場合、当然所得がその分増える事となりますので、必然として保険料も増える事となります。
尚、国保保険料には上限が設けてありますので、既にその株式に係る所得がなくても最高額が賦課されるのであれば、当然、その所得が増えても影響がない事となります。

株式の所得を申告するかどうかは、国保を含め他の制度との関係が有り、慎重に取り扱っているのが現状です。

では、参考までに。