一般口座で株式の売却を検討しています。

株式の売却は総合課税ではなく分離課税ですので、他の所得に影響を受けません。
住民税に関しては、株の売却益の5％となります。
給与・公的年金等に係る所得以外の所得に対する住民税については、徴収方法を選択することができます。
具体的には、確定申告書第二表の「住民税に関する事項」の欄への記入で、住民税の納付方法の選択を済ませることができます。
給与から差し引くことを希望する場合には、「給与から差引き」のチェックボックスに丸を記入し、また、給与から差し引かないで別に窓口等に自分で納付することを希望する場合には、「自分で納付」のチェックボックスに丸を記入します。

非常に参考になりました。ありがとうございます。