会計任用年度職員の収入は、事業所得になる？

総務省が出している「会計年度任用職員」に考え方について、
・募集・採用について、は勤務条件（業務の内容、給付など）を明示すること
・給与水準については、類似する職務に従事する常勤職員の属する職務の級の給料月額を基礎として定める（確かに「報酬」という表現はところどころに出ています）
ということになっており、これらは条例によって定めるべきだとしています。

したがって、採用形態が「雇用」なのか「業務委託」なのかによって、「給与所得」となるのかあるいは「事業所得（又は雑所得）」となるのかが決まります。

このため、採用形態が「雇用」なのか「業務委託」なのかは、条例又は採用要項で確認してもらう必要があると思われます。

総務省自治行政局から各自治体への通知内容を確認すると、（以下引用あり）
「会計年度任用職員の給与水準の決定については、引き続き地方公務員法に定める職務給の原則や均衡の原則等の給与決定原則にのっとり、当該会計年度任用職員の職務と類似する職務に従事する常勤職員の属する職務の級の初号給の給料月額を基礎としつつ、職務の内容や責任、職務遂行上必要となる知識、技術及び職務経験等を考慮するとともに、地域の民間企業における同一又は類似の職種の労働者の給与水準の状況等にも十分留意し、適切に決定する必要がある」
「会計年度任用職員の勤務時間については、その職務の内容や標準的な職務の量に応じた適切な勤務時間を設定することが必要であり」
「会計年度任用職員の休暇等については、当該休暇等を有給とするか否かも含め、国の非常勤職員との間の権衡を失しないように適当な考慮が払われるべきものである」

　以上のとおり給与（報酬）の決定、勤務時間、福利厚生を含む各種手当及び社会保障関係等の待遇から会計年度任用職員への報酬は給与所得と見なして差し支えないものと見て取れます。
　また全国の各自治体の会計年度任用職員に対する説明資料等にも、給与（報酬）の扱いについて「雇用契約」、「源泉徴収」及び「年末調整」等の表現がありますので給与所得と認識していることが多いと思われます。
　ですので、貴方が自治体から交付された契約書、給与（報酬）関係資料等の内容を確認したうえで、当該自治体担当者に相談して頂くのが良いと考えます
　そのうえで、貴方のスクール事業の収入と部活動指導員の報酬は事業所得と給与所得に区別して確定申告の計算を行う必要があるかどうか判断すべきと考えます。

（なお、「部活動指導員」には教育機関等から外部委託等の方式もあり、行政が費用負担しないケースもあります。）
（一概には言えませんが、損益通算及び給与所得控除等を考える一括合算よりも区分計算の方が税金面で有利と思われます。）

ありがとうございます。

今回、回答を頂いた方には感謝いたします。

非常に参考になりました。

後ろ盾がないので
これをきっかけにお付き合いが出来る
方も探したいと思いました。

本当にありがとうございます。