海外居住中の日本国内での株式売却益に対する課税について

証券会社に「非居住者」となったことを届けずに売買したということなので、証券会社の（課税）処理を訂正してもらう必要があります。
（非居住者になると、特定口座は解約（廃止）となり、一般口座に振り替えられます。）

なお、非居住者は本来は特定口座（源泉徴収有り）を保有できませんが、将来日本に帰国する予定であれば、一般口座の株式等を再度特定口座に組み入れてもらえる場合があります（一般口座の取引を凍結するなどの要件があります）。

ご回答頂きありがとうございます。

非居住者は特定口座を保有できないというのを認識していなかったのは私の落ち度でした。。

今後の対応として、
一般口座に振り替えてた場合も、取引が凍結されるのであれば、現在保有してる株式を全て売却したいと考えております。
特定口座なので売却益に対しては源泉徴収がされるという理解なので、
「保有している株を全て売却をして口座を解約する」、という方法はとれるのでは？と考えていますが、税法上で問題はございますでしょうか？

順序からすると、「非居住者」となった方が先なので、「特定口座」を遡って解約してから（一般口座に振り替えてから）売却することになります。

なるほど理解致しました。

対処の順序としては、
１．特定口座で売却したものについては、証券会社の（課税）処理を訂正してもらう。
２．特定口座を解約し、一般口座に振り替え。その上で売却。
３．そして、売却益に対する課税については自分で確定申告をする。
という理解で宜しいでしょうか？

３については、基本的に居住国で申告することになります。キャピタルゲインが非課税の国もありますので、現地でご確認ください。なお、日本では源泉徴収される場合もあります。この点は、証券会社にご確認ください。
それ以外は上記のとおりと思われますが、処理をするのは証券会社ですので、証券会社の手順に従って下さい。

理解しました。
自分の頭の中でだいぶ整理ができました。　いずれにしても証券会社に相談して対応します。

ご助言頂きありがとうございました。