間違えた修正申告と更正について

間違えて納付したのは、何の税金でしょうか？
それと、更正の請求を出されたのは、また、違う分の税金にかかるものでしょうか？
仮に所得税を10万円で申告をして、20万円を納付したとしますと、税務署側は10万円が誤納付と判断し、10万円が還付されます。(他の滞納税金等があればその滞納税金に充当されますが、その充当した時も充当した旨の通知書がきます。)
上記の例で申告に謝りがあった場合には、更正の請求を提出します。上記の例申告額の正当な額は5万円だったと更正の請求書を提出したら、税務署はその更正の請求の内容審査等を行い、その更正の請求に基き税務署が更正を行い、この差額の5万円が還付されるという流れになります。
所得税等は当初申告額があるため、最初の納付額が多く納付したことがわかるのですが、源泉所得税等は最初の申告等がないため、納め過ぎたという事がわからないような税金もあります。
もうちょっと、詳しく内容を教えていただけますと、最初の納め過ぎた税金が還付されていない理由も考えられます。
できれば、もう少し具体的に記載をお願いできればと思います。

間違えて納付した金額は、更正の請求により精算されます。
しかし、課税所得によっては、納付した金額の全額が戻らない場合もあると思います。

以前、勤めていた会社で源泉徴収票の間違いによる所得税及び復興特別所得税についてです。

以前働いていた会社から発行された源泉徴収票に間違いがあるとしたら、正しい源泉徴収票を発行してもらう必要がありますね。
給料から天引きされた金額と源泉徴収票に記載された金額が一致している源泉徴収票で確定申告をすれば、給料から天引きされた源泉所得税は確定申告で精算されることとなります。

誠に、申し訳ありません、先日、相談したことで言葉足らずでした。以前勤めていた会社より正しい源泉徴収票を（29年度分）もらいましたが、間違えて誤りのある源泉徴収票で、更正の手続きをしなければいけなかったのですが、間違えて修正申告をしてしまい追加納付をしました。（以前勤めていた会社では、戻る還付金とのこと）　更正の手続きを（以前勤めいた会社の担当者と）一緒しました。　更正通知書が届きましたが、追加納付した納付金が戻りません。29年度分の確定申告を個人でもしましたその時に還付金が還付されました。　

この流れでいけば、修正申告は有効になっており、その修正にかかる更正処分がなされているような気がします。
このような場合には、簡単に訂正とはいかないので、とりあえず税務署に電話で確認することをお勧めします。

明日、早速、税務署に電話します。それでもわからなかったら税務署に行ってみたほーがよいのでしょうか

税務署に行く場合には、何を持参すればいいか、担当者の名前等を聞いておいた方がよろしいかと思います。なるべく１回で終わるようにした方がいいですからね。

補足ですが、更正処分で当初の修正申告分も含めて減額されて可能性もあります。しかし、実際にどのような処理になっているのかを確認した方がよろしいかと思いますので、税務署に確認するのが一番いいと思います。

遅くなりまして、申し訳ありません、先日の相談が解決しました。
誠に、有り難う御座いました。