同じ条件の2人労働者にそれぞれの労働者に別の所得税法を適用したら

非居住と居住者の判定は日本に1年以上居住すると言うところで判断すると思います。
AさんもBさんも日本に滞留期間が同じであれば、同じ税率になるのではないのかなと思います。
確認するのは日本にどれだけ滞留するかということであり、最初にワーキングビザ等で日本に1年以上居住することを確認し、税務調査のためにその写しを取らせておいて貰えば、両者ともに居住者として課税でいいと思います。
なお、お問い合わせに記載のとおり、Bさんが居住者であると判定することが出来ない場合には、お問い合わせのとおりの処理をされてもなんら問題はないと考えます。

Bさんが居住者であると判定することが出来ない場合で当たりますがAさんも同じです。
Aさんも一緒にしないといけないですか？
滞留期間が３６６日で曖昧なので

日本に入って来たときに1年以上、日本にいると確認をしておけば居住者と判断していいんですけど、税務調査で指摘されると追徴税額が大きくなる可能性が高いですね。
所轄の税務署に電話等で相談して、その実情を話した上で税務署に判断を仰いだ方がよろしいかと思います。
相談された時には、その税務署職員の名前等を記録しておいてください。
(後で問題になった時に相談した記録があれば、誤指導として処理がかわります。)

明快な返事誠にありがとうございます。