所得税について

こんな調整は違法ですよ。

給与は、働いたら給料日に支給され、給料日に所得が認定されます。
給料を止めたにしても、年末まで働いた感じですが、給料日は、労働基準法では、毎月１回以上なければなりません。
給料の支払いを受けなかった夏以降の月、何ヶ月ありましたか？
１ヶ月でもあったら違法です。

ここを目をつぶるとして、給料の遅配があった場合、いつの所得になるかというと、本来の支給日です。つまり、夏以降の月の所得なのです。給料の支払いを受けなければ、所得がなかったとされるという認識が間違いで、配慮するなら、仕事をさせてはいけないのです。

この給与事務を行った人が、知識がなく間違った処理をしています。
恐らく、１月に約半年分を支払い、その金額のまま源泉徴収税額を求めたと思われ、この処理はデタラメです。

正しい処理は、本来の給料の支給日に支払いがあったものとして各支給日ごとの税額を求め、それを合計した税額でなければなりません。
ただし、これをすると前年の所得が103万円を大幅に超えます。
と、いうか、支給をしないことにより、給与収入の年分を変えることはできません。こんな調整で103万円に抑えることはできません。