賃上げ税制

賃上げ税制は、租税特別措置法（以下、措置法といいます）第42条の12の5の雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除のことを指しておられるという前提での回答となります。
措置法第42条12の5第2項の7で、「中小企業者等　第42条の4第3項に規定する中小企業者又は農業協同組合等をいう。」とされており、措置法第42条の4第3項に規定する農業組合等は、第42条の4第8項の7で「農業協同組合、農業協同組合連合会、中小企業等協同組合、出資組合である商工組合及び商工組合連合会、内航海運組合、内航海運組合連合会、出資組合である生活衛生同業組合、漁業協同組合、漁業協同組合連合会、水産加工業協同組合、水産加工業協同組合連合会、森林組合並びに森林組合連合会をいう。」と規定されていますので、法令からみれば「別表第三　協同組合等の表（第二条関係）」とは異なりますが、実質的には別表第三の一部が該当しないという形になります。