不動産の個人から法人への譲渡額について

例えば5千万円で購入し、毎年45万円の減価償却をしている場合、20年分の減価償却分を除いた4,100万円で譲渡すれば、譲渡に関わる課税額を少なく出来るのでしょうか。

→譲渡価額は時価が原則です。同種物件の売買事例を参考にする、それがなければ不動産鑑定評価を取る等が必要です。
役員個人と同族会社間の取引は恣意的な価額設定が可能ですから、時価による譲渡であることを合理的に説明できる根拠が必要ということです。
個人の譲渡所得は、譲渡価額－（取得費－償却費相当額＋譲渡に要した費用）で計算しますが、ご記載は取得費－償却費相当額のことで譲渡価額の設定ではありません。
なお、同族会社を含む関係者への譲渡については、居住用財産の3,000万円控除や軽減税率等の特例の適用はありません。
法人は固定資産の取得ですから、取得時は取得税が掛かるだけです。

また、譲渡費用は個人から法人に融資することを想定していますが、個人の方では収入を増やしたくないので、金利をゼロに設定することに問題はありませんか？　

→金利をゼロにすることは問題ありません。

早速のご助言有難うございます。譲渡は時価で行うべきこと、個人から法人への貸付に金利は不要であること了解しました。