仮想通貨で初めて確定申告をするので、教えてください。

仮想通貨利益: 50,000円(仮)

あとの計算式では　500,000円とありますのでそちらで計算してみます。

給与所得控除: 1,284,000(3,720,000*0.2+54,000)

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑　540,000となります。
給与所得: 2,436,000(3,720,000 - 128,4000)

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑　1,284,000となります。

所得税: 196,100 (2,436,000+500,000*0.1 - 97,5000)

158,100（2,436,000+500,000-380,000（基礎控除））×0.1-97,500
他に復興税もかかり161,400円となります。

確定申告で収めるのは、196100円から会社が代わりに収めた源泉徴収額を引いたものでまちがいないか？

ですので所得控除は基礎控除のみと仮定すると上記161,400円から源泉徴収税額を控除したものを確定申告で納付することになります。

・個人で国民年金保険料を払っているが、控除となり税金が減るか？

社会保険料控除として所得から控除し、所得税等が下がります。

減る場合はどのような計算になるか教えていただきたいです。

上記の例で基礎控除38万円を差し引きましたがさらに社会保険料控除も差し引くこととなります。

・会社が自分の代わりに収めた源泉徴収額はB社から源泉徴収章をもらうだけで確認できるか？

B社で年末調整はまだされていないと思いますので、A社の源泉徴収票も必要となります。
確定申告ではA社、B社の源泉徴収税額を足して記載ください。
退職金に関する源泉徴収税額は割愛させて頂きます。

よろしくお願いします。

こちら大変参考になりました。ありがとうございます。

お役にたてられましたでしょうか。
ご利用ありがとうございました。