売上一千万円以下の事業者より仕入れた場合の消費税

経理上は「課税仕入（課税）」で処理します。ただし、仕入税額控除はできません。

喫茶店でのコーヒー代は、性質としては消費税の課税取引です。したがって「非課税」や「不課税」には該当しません。
問題になるのは、インボイス（適格請求書）が発行されていない点です。

インボイス制度では、課税業者である御社が仕入税額控除を受けるためには、原則としてインボイスの保存が必要です。今回のお店は免税事業者のためインボイスを発行できず、その結果、支払った消費税相当額は控除不可となります。

整理すると、

取引区分：課税仕入
消費税の扱い：仕入税額控除は行わない

インボイスが無い取引は、「消費税がかかっていない」のではなく、「取り戻せない」だけです。
ここを取り違えないことが、制度理解の要点になります。

なるほど！
今までの疑問が解消されました、ご回答・説明をしていただきありがとうございました。