離婚でマンションに住み続ける場合の贈与税について

合意内容及びその理由に合理性があれば贈与と見なされるリスクは考えにくいです。

ご認識の通り、夫側では登記上の持ち分の譲渡申告をする必要がありますが、譲渡所得の計算上、売却額は合意金額の2千万ではなく、時価を用います。
したがいまして、マンションの取得価格によっては、所得税が発生する可能性はあります。

ご回答いただきありがとうございます。
時価は評価額の6,000万円
購入時の金額は4,200万円として
差額の1,800万円が譲渡所得になるのでしょうか。（夫婦共有名義なのでその半額？）
その上で条件を満たせば3,000万円までは特別控除で免除されますか？

ご質問者様のご理解の通り、持ち分が1/2であれば、売却額と購入価格は半分になります。

なお、3000万円の特別控除ですが、夫婦間の譲渡は適用要件から除外されるので、財産分与の合意書を決定し、離婚後に実際に譲渡とすることで、第三者間での譲渡となり、その他の要件も確認する必要がありますが、基本的には控除可能だと考えます。

なお、時価についてはネットなどでの業者参照価格ではなく、不動産鑑定、もしくは、土地は公示地価をベースに、建物は固定資産評価額で、算出するのが安全な申告となります。

ご回答ありがとうございます。
財産分与の際のマンションの時価は、不動産会社に査定してもらった評価額を使用するのが一般的のようですが、申告の際は鑑定士に依頼する必要があるでしょうか。固定資産税・都市計画税（土地・家屋）課税明細書を元に計算すると不動産会社の査定額よりだいぶ低くなるようなのですが。

本件は、不動産の時価が6,000万円と仮定したならば、3,000万円の特別控除の要件を満たしている前提で考えた場合には、税務リスクは低いので、コストをかけずに概算で計算する方法もあると思います。

土地部分は最新の公示地価を0.８で割戻し（国税庁が公示地価は時価の80％程度と開示しているため）
建物部分は固定資産税評価額

この算出方法も、時価のうちの一つと考えられると思います。

時価が本当に6,000万円の概算なのか分かりませんので、ご質問者様がリスクをご判断されて、不動産鑑定費用を節約するか、ご判断頂ければと思います。