事業所税は市によって非課税対象者がことなりますか？

非課税ですが、収益事業分については課税となります。
詳しくは市町村にご確認ください。

学校法人については地方税法により収益事業に係るもの以外は事業所税を課してはならないと決められていますので（地方税法第701条の34第2項）、これに反する条例を定めることは違法です。従いましてこの点に関しては都市によって変わることはありません。

事業所税の申告書を再確認した方が良いかもしれませんね。本校でお支払になっている事業所税が収益事業に係る部分の面積だけになっているか、姉妹校では同様の事業を行っていないのかを。
収益事業分面積が1,000㎡を超えることはあまりないのでないかと思います。
事業所税は内容をよく把握しないまま前年度と同じ内容で申告しつづけている法人が多いので定期的に見直した方が良いですよ。