主人と住所が別の場合、家族の健康保険料は高くつきますか？

ご質問は税理士の専門外ですので、知り得る範囲で回答します。
国民健康保険は世帯単位ですので、ご主人様と奥様が住民登録が別々で別世帯となっていれば、それぞれで加入することになりますので高くなると思います。
現在も、ご主人様が別世帯扱いであると思いますので、国民健康保険はそれぞれで加入されているのではないのでしょうか？
いずれにしましても確定的なことは市区町村役場か社会保険労務士にご照会ください。

今は会社の保険に入っているので一緒の支払いなのですが、主人が退職することになりました。
保険料は専門外なのですね。
ありがとうございました。