1社の年間売り上げに対しての課税非課税の区別の申告方法と複数の申告方法

税理士の高橋と申します。よろしくお願い致します。
ご相談の件ですが、もしかすると勘違いをされているかもしれません。ご相談者様が個人事業主であることを前提にご回答致しますが、デザイン料でも、プログラミング料でも、事業所得の総収入金額には含まれますので、確定申告の対象になります。恐らくご相談者様が「課税」、「非課税」とおっしゃっているのは、源泉徴収されているか否かを指してのものかと思います。事業所得の売上としては、源泉徴収されているか否かを問わず全て集計します。具体的には、確定申告書の第二表「所得の内訳」に記載することになります。記載は、得意先別で結構です。書ききれない場合は別途「所得の内訳書」という用紙がありますので、そちらに集計してください。交付された支払調書に基づき記載するのが良いと思いますので、もし交付を受けていない場合は得意先に交付をお願いするのが良いでしょう（ただし、得意先には法的な交付義務はありません）。そのうえで、源泉徴収されている税額については集計して、確定申告書第一表の45のところで控除して、納税額を算定します。