住民税支払いを会社と個人に分けた際の税金優遇について

給与所得者という前提で回答します。
事業所得が赤字の場合、給与所得と損益通算され結果として翌年の住民税は本来の給与所得額に比べて少なくなりますので、会社が気付く可能性はあります。
なお、青色申告特別控除は特熱控除額か事業所得の控除前所得のいずれか少ない金額になりますので、青色申告特別控除の適用がある場合は事業所得は赤字にはなりません。
給与所得を含めて普通徴収にする方法はありません。

ご質問とは直接関係ありませんが、本業が給与所得の人の副業は事業所得と認められる可能性は極めて低いとお考え下さい。

ありがとうございます。

1店確認させてください。
事業所得が1円でも黒字であれば青色申告特別控除
赤字であれば青色申告は使えず損益通算になると言う理解でよろしいでしょうか？

事業所得と認められれば、以下の点を除いてご記載の通りです。
青色申告が使えないのではなく、控除前所得が赤字でも申告は青色ですが青色申告特別控除の適用がないということです。

ありがとうございますを
何度も申し訳ございません。
赤字額が65万円以上になった場合は損益通算でしょうか？

1円でも赤字であれば、事業所得の赤字と給与所得は損益通算です。（事業所得と認められることが前提です。）

ありがとうございます！すごくスッキリしました。