個人の兼業賃貸(私は、サラリーマン)のインボイス制度について。

ご質問者の立場ですと免税事業者のままが都合がよいのでしょうが、店舗として賃借している側の方が消費税課税事業者である場合、インボイス制度導入によりご質問者の方が課税事業者登録をしていないと店舗の家賃が仕入税額控除できなくなり、不利益を被る恐れがあります。

同様の問題はインボイス制度導入により日本各地で起きてくるものと思われます。

ご質問者の方が、インボイス制度導入後仮に課税事業者となりインボイスを発行するようになったとして、
消費税課税事業者になるわけですから消費税の申告義務が発生します。
そして店舗として賃貸している部分は課税売上ですから、消費税分を預かることになります。
極めて単純に申し上げると、課税売上に関連した課税仕入を差し引いて、残りの部分は消費税を納税することになります。預かっているのだから国に戻しなさい、ということになります（実際には、他に様々な制度がありそう単純に言い切れません）。
ご質問者の方がインボイス制度導入後の消費税申告納税（場合によっては還付）に依存がないなら、課税事業者登録なさるのが最良でしょう。登録受付は既に始まっています。

　　　　　　　　　　　 おはようございます。山本先生。
　お忙しい申告中に、こんな低レベルな質問に お答え頂いて有難うございます。
　　　　　　　　　(正直、先生から　お答え頂けるとは思いませんでした…)
　　　　お忙しいと思いますので、これで最後に致します。一つ　最後に伺わせて下さい。
　(質問文には、既に入居者様がいる様に書いてしまっているのですが、
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　今　新しい方と交渉中という段階です。)
　　　　自分の親が商売をしていたので、毎日　夜中　
　　　　　　　　　　　　算盤を叩いてた姿を見ていて入居者様の有利〜節税になる様にしたいです。
　　　　　　(自分は、住んでいた家に思い入れがあり、管理できる家賃さえ入ればいいのです。)
　　先生の 仰る様に、店舗部分の課税売上が消費税の対象。ただ、住まい兼用物件＝家賃按分申告。
　　　　ですので、消費税が入っていない家賃(実質　入居者様が高く払っている)という事に
　　　　　すると、入居者様の商売上「節税の意味合い」もある様に思うのですが、
　　　　　　　　「大まかに」で　良いので、「入居者様から見た利益」では
　　　　(大家、私が)インボイスの意味合いは、入る・入らない何か変わってきますでしょうか？
　　　　　　　　　　うまく表現が出来なくて…長文　お許し下さい。

店舗兼用住宅でしたら、床面積等で按分するように、と国税庁の質疑応答事例にもあります。
店舗としての賃貸部分は課税売上、借主様からみれば課税仕入でしょう。
借主様が消費税課税事業者ですと、ご質問者の方がインボイス制度導入後登録事業者にならず免税事業者のままであれば、店舗部分の家賃は課税仕入として控除できないことになります。
借主様も免税事業者であればお互いにとって特に不都合はないでしょうが、いつまでも免税事業者なのかどうか、そのあたりは分かりません。当事者間で事実関係を明らかにし話し合うしかないでしょう。

本当に　ありがとうございます！
　家賃が「課税の仕入れ」になる訳ですね！理解できました！
　(消費税を自分が帳簿でやったことがなくて…すいません！)
　ありがとうございます！相手の方と話して
　課税事業者の申込みしてみようと思います。

申告時期の貴重なお時間を割いて お答え下さり、ありがとうございます。助かりました。