雑所得を事業所得に変えた後、認められないと言われた

修正申告は納付税額が増える場合でないと提出できません。申告の内容を変えるだけの修正申告は税法上認められていません。税務署の回答はそのような意味であったものと思われます。

また、主たる収入が給与所得であるならば、副業が事業として認められないケースはたくさんあります。
一般的に、
メインで生計を立てている⇒「事業所得」
小遣い稼ぎレベルの副業⇒「雑所得」
と考えられており、
「メインで生計を立てている」とは、そのビジネスが継続・反復し、かつ、最終的な責任は自分にあるといった独立状態であるなら「事業所得」となります。一言でいうと、「事業といえる規模かどうか」「継続的にやっているかどうか」です。
「メインで生計を立てている」ということは、主観的に判断するのでなく、社会通念上客観的に総合的にみて認められるかどうかで判断することになります。
形式的に「開業届」を提出したからといって、必ずしも個人事業主として「事業所得」になるわけではないということです。

ですので、給与収入＞雑所得収入であるのであれば、一旦雑所得とされた事業区分を事業所得に変更するのは難しいのではないでしょうか。