住宅ローン連帯債務の持分割合について

無理のない範囲で、将来の借入金返済分も含めてどちらがいくら負担するか、実際の負担額に応じて持ち分を決定、登記されてはいかがでしょうか。

将来の予測は困難なので、現在の負担割合での持分登記でよいと思います。
仮に、奥さんが支払えない場合は、ご主人から借りるか、年間110万円の非課税枠での贈与でしょうか。

ご回答ありがとうございます。
現在は住宅ローン控除の恩恵を満額受けるため、7:3で持分割合を設定を予定しています。

来年子供を授かったとして、2年程度は産休、育休で妻の収入がさがるためです。

回答の中で、譲与税が発生しない110万の枠内ということでしたが7:3で設定をした場合、発生するリスクはありますか？

持分割合の７対３の割合で、住宅ローンを返済すれば、贈与税のリスクはないと思います。

5200万×7割＝3514‐頭金100＝2514万。
を夫分、として残りを妻分として、ローン控除適用にあたり初年度に割合を記載し、控除を受けることになります。
初年度の割合をその後も引き継ぎますので、実際の負担額（頭金＋ローンのうち、実際に帰属させる額）を明確にする。

その上で、実際の返金もそれぞれの額について毎月の返済額をその割合に応じてしていく、ということになりましょうか。

夫の口座からの返済になるのであれば、妻の口座から毎月夫の口座に負担分、返済していく。
産休中においても、同様にしていく。

或いは、年度において、返済額が異なるようにするのか。

金融機関向けには夫→金融機関向けの返済スケジュール通りの返済。
夫婦間においては、夫の口座に、妻から、返済期間を通じて負担分を返済していくためのスケジュールを別途作成し、その通りに返済していく。

というのが理屈。

連帯債務の場合は、税理士が付いてすることが無いので、実際にはどうされているかは不明ですが、予定通りの返済が滞れば、当初にさかのぼって贈与対象となりますし、ローン控除はそもそも出来ません。

ただ、理屈ですね。
個人は顕在化しないとして、えいやっという方もいらっしゃいますし。税理士でも。