今年医療費控除申請をしたのですが還付金が戻ってきません

所得税の確定申告で医療費控除を申請された場合には、所得税は還付されます。確定申告書を確認されたら良いと考えます。
住民税の場合には、住民税の計算において医療費控除額が控除されます。住民税の納税通知書の所得控除の欄に記載されていると思います。

確定申告で医療費控除をされた場合は、指定した銀行口座に還付金が還付されると思います。
給与から還付されることはありません。
口座番号が間違っているかもしれないですね。

回答ありがとうございます。
確定申告で申請をして、職員の人には4万5千程返ってきます。と言われていましたが、3月に税務署から口座に振込まれていた金額は2300円程しかありませんでした。
なので口座は間違ってはいない筈なのと、税務署にその金額しか振込まれていなかったことを伝えると、今年の給料の所得税が安くなるので還付になります。と言われたのですが給料明細見ても所得税に変化が無く、去年のものと見比べても今年の方が少し高いです。(去年は、医療費控除申請してません。そして給料も去年の方が僅か多いです。)なので還付されてる様子が無いのです…。

医療費控除の金額は、いくらでしたか？

お返事ありがとうございます。
医療費控除と書かれていた金額は47960となっていました。

所得税は、5%からの累進課税です。
47,960円×5%=2,398円になります。端数処理等を考慮すれば、間違いないと思います。
住民税は、10%の定率です。
47,960円×10%=4,796円になります。このくらいの金額が住民税から控除されていると思います。

そういう事だったのですね！
職員の人が47960と書かれた枠を指さしてこの分が返りますよと仰っていたので、単純にそのぶんが帰ってくるものだと思っていました。