課税対象の可否について

税目によって違いますが、基本的に税務署が最初に判定することはありません。

法人税
・収益の有無に関係なく、毎事業年度ごとに申告が必要です。

所得税
・申告納税方式なので、基本的に申告の有無は納税者が判断します。税務署が、納税者の判断が間違っていると判断した場合は、是正措置がとれます。（無申告の場合は決定で、納税額を確定させること。申告額が不適当なら更正。ほとんどの場合、行う前に税務調査があります。）
申告義務が生じるのは、通常の方法で計算して納税額が生じる場合です。

消費税
基本的には、所得税と同じです。
申告義務が生じるのは、課税事業者で課税売上がある場合です。

　国税ＯＢ税理士です。

　税金の課税の判断をどうするのかという質問であれば、
　
　現在の国税は、「申告納税方式」で、自分で計算を行い申告を行います。自分で計算ができなければ税理士に頼むのもありです。
　ただし、判断が違っていれば、当然ながら税務署から連絡が来るということになります。

　地方税では、固定資産税や自動車税などは、都道府県や区市町村などが、納税額を決めて、通知するやり方「賦課課税方式」もあります。