確定申告について

支払調書の必要経費分の還付を受けようと事業所得で申告するとなぜか納付するようになります。これはやり方が間違っているのですか？もしくはむしろ税金が増える事があるのですか？

正しいと考えます。
支払調書の必要経費分の還付・・・この言葉が意味不明ですが・・・
支払調書の記載の源泉所得税では・・・。

それは良いとして、
事業所得であろうが・・・雑所得であろうが・・・所得が増えますので、
納付になります。
だからといって、申告しないわけにはいきません。

ふるさと納税や、医療費控除を後に入力ください。
給与と、支払調書を入力して、正しい税額を求めた後、・・・①
ふるさと納税と医療費控除を入力します。
①の納税額が、少なくなります。ある意味、還付です。