特別徴収と普通徴収併用できる？

給与所得・雑所得(公的年金のみ)以外の所得は「普通徴収」を選択することができます。
したがって、確定申告書で「自分で納付する」を選択すれば、暗号資産の雑所得分は普通徴収となります。

暗号資産の利益は雑所得として総合課税の対象となり、確定申告により所得税と住民税が計算されます。住民税については、確定申告書第二表の「給与所得以外の住民税の徴収方法」欄で「自分で納付（普通徴収）」を選択することにより、給与分は特別徴収のまま、副業や暗号資産などの雑所得部分のみを普通徴収に切り分けることが可能です。ただし、市区町村の運用によっては全額を特別徴収へ組み込むケースもあり得ますので、最終的には自治体の判断に委ねられます。従って、暗号資産分のみ普通徴収にしたい場合は、確定申告時の記載に加え、所轄の市区町村へ事前確認しておくことが望ましい対応です。