土地建物一括譲渡

だめです。
結果として損失になるかもしれませんが、次の通り計算してください。
譲渡収入－取得費（詳しくは、土地購入＋建物購入－建物の減価償却費）
買った時の１０００万円を区分して、建物は年数分だけ減価償却する。
という事になります。
回答は以上とします。

　建物部分は減価償却した後の未償却残高と土地の取得費を合計した金額が400万円を超えていれば損失になりますので、譲渡所得の申告は必要ありません。
　なお、取得した際、土地と建物の金額の区分が分からない場合には、国税庁が発表している「建物の標準的な建築価額表」を用いて土地と建物に区分してください。

詳しくご回答ありがとうございました。